De organisatie van LMC-VO is ingericht volgens de besturingsfilosofie van LMC-VO. De scholen zijn daarbij binnen de LMC-kaders autonoom. Zij zijn voor het merendeel  ingedeeld in scholengroepen. De scholengroepen worden geleid door directeuren scholengroepen. Scholen kunnen rechtstreeks aangestuurd worden door een directeur scholengroep maar ook kunnen er locatieleiders, in 2019 is de functienaam aangepast in locatiedirecteur, aangesteld zijn. Een school is nog niet ingedeeld in een scholengroep en wordt geleid door een directeur. Het College van Bestuur stuurt zowel de directeur als de directeuren scholengroepen aan. De medezeggenschap is op school-/scholengroepniveau belegd bij de medezeggenschapsraden en op LMC-niveau bij de Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad. Het stafbureau ondersteunt het College van Bestuur en de scholen.